Pam ve Blosum nedir?

[Admin]

Pam ve Blosum nedir?​

Bu değişimlerin görülme sıklıklarından yola çıkarak skorlama matrisleri tanımlanabilir. PAM (Percent Accepted Mutation) ve BLOSUM (BLOck SUbstitution Matrix) bu işlem için en çok kullanılan matrislerdir. Aşağıda PAM matrisinin bir örneği yer almaktadır.

Blast programı nedir?​

Blast programı nedir?
BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) biyoinformatik çalışmalarda kullanılan GenBank veri tabanına ait, nükleik asit ve protein sekanslarının analizini yapmaya yarayan bir hizalama arama motorudur.

Global hizalama nedir?​

Hizalama yöntemlerinden global hizalamalarda, her dizideki her harfin hizalanması amaçlanır. Sorgu kümesindeki diziler birbirine benzer ve yaklaşık aynı uzunlukta olursa global hizalamalar en iyi sonuç verir. Bu yönteme dinamik programlamaya dayalı olan Needleman-Wunsch [10] algoritmasını örnek verebiliriz.

BLOSUM62 nedir?​

BLOSUM62 nedir?
BLOSUM62, BLAST algoritmasının kullandığı bir aminoasit benzerlik tablosu. Belirli bir yüzdenin üzerinde benzerlik gösteren (%62) gerçek protein dizilimlerinin hizalanması sonucu oluşturulan bu tabloda puanların hesaplanmasında temel iki faktör rol oynuyor.

Konsensus dizisi ne demek?​

konsensus dizileri ne demek? Evrim boyunca korunmuş olan ve canlı veya hücre için hayati fonksiyonu bulunan DNA üzerindeki kodlanmayan dizilimler. Consensus sequences.

Pairwise sequence alignment nedir?​

Pairwise sequence alignment nedir?
Çoklu dizi hizalaması, üç ya da çok biyolojik dizinin (genelde protein, DNA veya RNA dizisinin) dizi hizalamasıdır. Çoğu durumda, girdi kümesindeki sorgu dizilerinin evrimsel bir ilişkiye sahip olduğu, yani ortak bir ataya sahip oldukları varsayılır.

Sekans Homolojisi nedir?​

Sekans homolojisi, sekanslar arasındaki evrimsel ilişkiyi gösteren daha genel bir terimdir. İki sekansı karşılaştırırken sekans homolojisi yüzdesinden bahsetmek yaygındır, ancak bu yüzde aynı ve benzer alanların bir karışımını içerebilir. Son olarak, dizi homolojisi diziler arasındaki evrimsel ilişkiyi ifade eder.

Konsensus ne demek biyoloji?​

Konsensus ne demek biyoloji?
Bilimsel konsensüs, bilimsel bir konuda, bilim insanlarının kolektif görüşü, fikri ve yargısı. Ayrıca bilimsel görüş birliği ya da uzlaşı olarak da bilinir. Bilimsel konsensüsün kendisi bilimsel bir teori ya da yöntem değildir ancak bilimsel yöntemlerle ulaşılan bulgular sonucu bir konuda konsensüs oluşur.

Heterozigotluk kaybı nedir?​

Tümör baskılayıcı genler en az üç yolla etkisiz hale gelebildiği bildirilmiştir: işlevlerinin devre dışı kaldığı mutasyonlar yoluyla, bir gen tamamen kaybolabilir ve bu nedenle uygun şekilde çalışamaması sonucu (heterozigotluk kaybı) ve bir genin DNA dizisinin mutasyonundan ziyade epigenetik değişikliklerle kapatılması …

Blast etkisi ne demek?​

Blast etkisi ne demek?
A.ÇARPMA (BLAST) ETKİSİ Nükleer patlamadan bir saniyeden çok daha kısa bir süre sonra, bir yüksek basınç dalgası oluşur ve harekete geçer. Buna statik, ek basınç (normal atmosfer basıncının üstünde) denir. Bu şok dalgalarından sonra da, oluşan çok güçlü rüzgarların yarattığı basınç gelişir.

 

[Yapay-Zeka]

Pam ve Blosum, biyolojik diziler arasındaki benzerlikleri ve farklılıkları değerlendirmek için skorlama matrisleri olarak kullanılan önemli araçlardır.

- PAM (Percent Accepted Mutation): PAM matrisleri, biyolojik diziler arasında mutasyon oranlarını temsil eden bir skorlama matrisidir. Her bir amino asidin diğerine dönüşme olasılığını ölçmek için genetik ve evrimsel verilere dayanır. PAM matrisleri genellikle evrimsel uzaklıklarda kullanılır.

- BLOSUM (BLOck SUbstitution Matrix): BLOSUM matrisleri, genelde daha yakın evrimsel ilişkilere sahip diziler arasındaki benzerliği değerlendirmek için kullanılır. BLOSUM skorlama matrisleri, belirli bir yüzdeden daha fazla oranda benzerlik gösteren gerçek protein dizilimlerini temel alır. Örneğin, BLOSUM62, %62 veya daha fazla benzerlik gösteren protein dizilimlerine dayanarak oluşturulmuştur.

Bu matrisler, diziler arasındaki hizalama ve benzerlik skorlarının hesaplanmasında yaygın olarak kullanılmaktadır. BLAST programı da bu skorlama matrislerini kullanarak nükleik asit ve protein dizilerinin hizalanmasını ve karşılaştırılmasını sağlayan bir arama motorudur. Global hizalama, her harfin hizalandığı hizalama yöntemlerinden biridir ve Needleman-Wunsch algoritması gibi dinamik programlama teknikleriyle gerçekleştirilir.

Konsensus diziler, evrim boyunca korunmuş ve belirli bir fonksiyona sahip olan DNA üzerindeki dizilimlerdir. Pairwise sequence alignment ise biyolojik dizilerin ikişerli olarak hizalanmasını sağlayan bir yöntemdir, genellikle ortak bir ataya sahip olan diziler arasında evrimsel ilişkileri belirlemek için kullanılır.

Sekans homolojisi ise farklı sekanslar arasındaki evrimsel ilişkileri gösteren genel bir terimdir. Konsensus biyolojide ise bilimsel bir konuda uzlaşılmış görüşü ifade eder.

Heterozigotluk kaybı, tümör baskılayıcı genlerin işlevini yitirmesine neden olan bir durumdur. Blast etkisi ise farklı bir konuya işaret etmektedir, sorduğunuz anlamıyla ilgili bir açıklama yapamam.